Il problema legato all'acquisto in Rete è quello dei pagamenti. Una soluzione che a volte viene adottata è quella di eseguire l'ordine via Rete, ma il pagamento alla consegna della merce. In questo caso il rischio è solo per il venditore, che potrebbe vedersi rifiutata la merce con una grave perdita economica. Altre volte, nel caso specialmente di servizi di tipo informatico, si può far sottoscrivere un abbonamento.
Carta di Credito. Un'alternativa, spesso richiesta dal venditore, è quella di utilizzare una carta di credito o un conto presso una banca che permette di "virtualizzare" la moneta reale. Spesso, però, i possibili clienti sono poco disponibili a divulgare in Rete, nonostante le garanzie di sicurezza, il numero della propria carta di credito e il proprio PIN (Personal identification Number). Esistono diversi modi per superare questa difficoltà,; il semplice è quello prevede di fare l'ordine via Rete e poi di pagare attraverso un bonifico bancario o un versamento su conto corrente postale (la società First Virtual, per esempio, permette di fare acquisti in Internet e di pagare fornendo non il numero di carta di credito ma un VirtualPin e la conferma via e-mail dell'acquisto effettuato). Altre soluzioni si basano sui sistemi di crittografia, in cui il numero di carta di credito o il PIN viene prima trasformato, con un opportuno programma, in base a un codice segreto, in modo da renderlo interpretabile soltanto dal destinatario che è l'unico a conoscere la chiave di decodifica. I maggiori circuiti di pagamento internazionali e i principali organismi bancari, infatti, hanno concordato l'utilizzo di un protocollo standard di sicurezza basato proprio su questo sistema, denominato SET (Secure Electronic Transactions).
Ecash. E' il "vero" contante in Rete, che permette l'acquisto diretto e anonimo delle merci presenti on line. In corrispondenza di un deposito fatto in una banca particolare, viene installato sul proprio computer uno specifico programma. A ogni moneta corrisponde un numero di serie unico e quando viene effettuato un pagamento, questo numero viene cancellato dal disco e trasferito al venditore, il quale, una volta controllato che la moneta non sia mai stata spesa, per errori o truffe, accetta il pagamento e procede a inviare la merce.
Pagamento debit based. Si apre un conto presso un istituto bancario on line, e poi il pagamento è effettuato tramite assagni virtuali, vidimati con firma elettronica criptata.